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how to get all value in list in same time

following show the my list value (variable is "data")
[{'letters': ['R', 'V', 'X', 'U', 'M', 'Z', 'B', 'O', 'R'],
'words': ['RVX', 'BOM', 'RUB', 'RUZ', 'MBOOO', 'RMR'],
'score': 51},
{'letters': ['P', 'X', 'M', 'R', 'D', 'S', 'I', 'C', 'E'],
'words': ['PXM', 'RDS', 'ICE', 'PRI', 'DSCE', 'PXM', 'MRE'],
'score': 54}]
Then I used the following code
print(*data)
output was
{'letters': ['R', 'V', 'X', 'U', 'M', 'Z', 'B', 'O', 'R'], 'words': ['RVX', 'BOM', 'RUB', 'RUZ', 'MBOOO', 'RMR'], 'score': 51} {'letters': ['P', 'X', 'M', 'R', 'D', 'S', 'I', 'C', 'E'], 'words': ['PXM', 'RDS', 'ICE', 'PRI', 'DSCE', 'PXM', 'MRE'], 'score': 54}
but I want to get that output with comma with saparate two JSON
Like this
{'letters': ['R', 'V', 'X', 'U', 'M', 'Z', 'B', 'O', 'R'], 'words': ['RVX', 'BOM', 'RUB', 'RUZ', 'MBOOO', 'RMR'], 'score': 51},
{'letters': ['P', 'X', 'M', 'R', 'D', 'S', 'I', 'C', 'E'], 'words': ['PXM', 'RDS', 'ICE', 'PRI', 'DSCE', 'PXM', 'MRE'], 'score': 54}
Any one can help me
Thank you

Is this what you are trying to accomplish?
print(*data, sep=",\n")
That will put your items on separate lines, with commas after all but the last.

You can try this:
print(*data, sep=',')

Remove adjacent items group in list based on length of elements

I have a list of items from PDF text extraction in this way:
['performed three times. Data represent the mean±SEM of threeindependent experiments. *P<0.05, **P<0.005, ***P<0.001.', 'B','O-GlcNAc', 'AMPK', 'pAMPK', 'SREBP-1', 'ACC', 'FAS', 'actin', 'C','T', 'L', 'D', 'O', 'N', 'T', 'M', 'G', 'C', 'T', 'L', 'D', 'O', 'N','T', 'M', 'G', 'HaCaT HeLa', 'O', '-G', 'lN', 'A', 'c', 'le', 'v','e', 'l', '(A', '.U', ')', 'H', 'a', 'C', 'a', 'T', 'C', 'T', 'L','0.0', '2.5', '1.5', '1.0', '0.5', 'H', 'a', 'C', 'a', 'T', 'D', 'O','N', 'H', 'a', 'C', 'a', 'T', 'T', 'M', 'G', '2.0', '**', '***', 'S','R', 'E', 'B', 'P', '-1', 'le', 'v', 'e', 'l', 'H', 'a', 'C', 'a','T', 'C', 'T', 'L', '0.0', '1.5', '1.0', '0.5', 'H', 'a', 'C', 'a','T', 'D', 'O', 'N', 'H', 'a', 'C', 'a', 'T', 'T', 'M', 'G', '2.0','F', 'A', 'S', '(A', '.U', ')', 'H', 'a', 'C', 'a', 'T', 'C', 'T','L', '0.0', '1.5', '1.0', '0.5', 'H', 'a', 'C', 'a', 'T', 'D', 'O','N', 'H', 'a', 'C', 'a', 'T', 'T', 'M', 'G', '2.0', 'A', 'C', 'C','(A', '.U', ')', 'H', 'a', 'C', 'a', 'T', 'C', 'T', 'L', '0.0', '2.5','1.5', '1.0', '0.5', 'H', 'a', 'C', 'a', 'T', 'D', 'O', 'N', 'H', 'a','C', 'a', 'T', 'T', 'M', 'G', '2.0', 'O', '-G', 'lc', 'N', 'A', 'c','le', 'v', 'e', 'l', '(A', '.U', ')', 'H', 'e', 'L', 'a', 'C', 'T','L', '0.0', '1.5', '1.0', '0.5', 'H', 'e', 'L', 'a', 'D', 'O', 'N','H', 'e', 'L', 'a', 'T', 'M', 'G', '2.0', '***', '***', 'S', 'R', 'E','B', 'P', '-1', 'le', 'v', 'e', 'l', 'H', 'e', 'L', 'a', 'C', 'T','L', '0.0', '1.5', '1.0', '0.5', 'H', 'e', 'L', 'a', 'D', 'O', 'N','H', 'e', 'L', 'a', 'T', 'M', 'G', '2.0', '***', 'F', 'A', 'S', '(A','.U', ')', 'H', 'e', 'L', 'a', 'C', 'T', 'L', '0.0', '1.5', '1.0','0.5', 'H', 'e', 'L', 'a', 'D', 'O', 'N', 'H', 'e', 'L', 'a', 'T','M', 'G', '2.0', '***', 'A', 'C', 'C', '(A', '.U', ')', 'H', 'e', 'L','a', 'C', 'T', 'L', '0.0', '1.5', '1.0', '0.5', 'H', 'e', 'L', 'a','D', 'O', 'N', 'H', 'e', 'L', 'a', 'T', 'M', 'G', '2.0', '***', '***','***', '***', '***', '***', '***', '*** ***', '***', 'O-GlcNAc','AMPK', 'pAMPK', 'SREBP-1', 'ACC', 'FAS', '�-actin', 'O', '-G', 'lN','A', 'c', 'le', 'v', 'e', 'l', '(A', '.U', ')', 'C', 'T', 'L', 'H','a', 'C', 'a', 'T', '0.0', '1.5', '1.0', '0.5', 'Q', 'u', 'e', 'r','H', 'a', 'C', 'a', 'T', 'C', 'T', 'L', 'H', 'e', 'L', 'a', '2.0','Q', 'u', 'e', 'r', 'H', 'e', 'L', 'a', 'p', 'A', 'M', 'P', 'K', '(A','.U', ')', 'C', 'T', 'L', 'H', 'a', 'C', 'a', 'T', '0.0', '1.5','1.0', '0.5', 'Q', 'u', 'e', 'r', 'H', 'a', 'C', 'a', 'T', 'C', 'T','L', 'H', 'e', 'L', 'a', '2.5 ***', 'Q', 'u', 'e', 'r', 'H', 'e', 'L','a', 'S', 'R', 'E', 'B', 'P', '-1', 'le', 'v', 'e', 'l', 'C', 'T','L', 'H', 'a', 'C', 'a', 'T', '0.0', '1.5', '1.0', '0.5', 'Q', 'u','e', 'r', 'H', 'a', 'C', 'a', 'T', 'C', 'T', 'L', 'H', 'e', 'L', 'a','**', 'Q', 'u', 'e', 'r', 'H', 'e', 'L', 'a', 'A', 'C', 'C', '(A','.U', ')', 'C', 'T', 'L', 'H', 'a', 'C', 'a', 'T', '0.0', '1.5','1.0', '0.5', 'Q', 'u', 'e', 'r', 'H', 'a', 'C', 'a', 'T', 'C', 'T','L', 'H', 'e', 'L', 'a', '2.0', '***', 'Q', 'u', 'e', 'r', 'H', 'e','L', 'a', 'F', 'A', 'S', '(A', '.U', ')', 'C', 'T', 'L', 'H', 'a','C', 'a', 'T', '0.0', '1.5', '1.0', '0.5', 'Q', 'u', 'e', 'r', 'H','a', 'C', 'a', 'T', 'C', 'T', 'L', 'H', 'e', 'L', 'a', '***', 'Q','u', 'e', 'r', 'H', 'e', 'L', 'a', '2.0', '***', '*** ***', '*','******* *******', 'HaCaT HeLa', 'CTL Quer CTL Quer', 'A', 'Fig. 4.Quercetin regulates SREBP­1 and its target proteins']
In this list, I would like to remove all groups of adjacent elements (length of group > N) for which no element has length > M.
A pseudo code would be:
for item in list:
if len(item) <= M:
buffer.append(item_index)
active = True
if len(item) > M and active == True:
active = False
if len(buffer) > N:
list.replace_at_index(buffer_by_index,'')
buffer.clear()
Thanks for helping

Here is how you can use the built-in enumerate method to iterate through the elements in a list alongside each element's index:
lst = ['performed three times. Data represent the mean±SEM of threeindependent experiments. *P<0.05, **P<0.005, ***P<0.001.', 'B','O-GlcNAc', 'AMPK', 'pAMPK', 'SREBP-1', 'ACC', 'FAS', 'actin', 'C','T', 'L', 'D', 'O', 'N', 'T', 'M', 'G', 'C', 'T', 'L', 'D', 'O', 'N','T', 'M', 'G', 'HaCaT HeLa', 'O', '-G', 'lN', 'A', 'c', 'le', 'v','e', 'l', '(A', '.U', ')', 'H', 'a', 'C', 'a', 'T', 'C', 'T', 'L','0.0', '2.5', '1.5', '1.0', '0.5', 'H', 'a', 'C', 'a', 'T', 'D', 'O','N', 'H', 'a', 'C', 'a', 'T', 'T', 'M', 'G', '2.0', '**', '***', 'S','R', 'E', 'B', 'P', '-1', 'le', 'v', 'e', 'l', 'H', 'a', 'C', 'a','T', 'C', 'T', 'L', '0.0', '1.5', '1.0', '0.5', 'H', 'a', 'C', 'a','T', 'D', 'O', 'N', 'H', 'a', 'C', 'a', 'T', 'T', 'M', 'G', '2.0','F', 'A', 'S', '(A', '.U', ')', 'H', 'a', 'C', 'a', 'T', 'C', 'T','L', '0.0', '1.5', '1.0', '0.5', 'H', 'a', 'C', 'a', 'T', 'D', 'O','N', 'H', 'a', 'C', 'a', 'T', 'T', 'M', 'G', '2.0', 'A', 'C', 'C','(A', '.U', ')', 'H', 'a', 'C', 'a', 'T', 'C', 'T', 'L', '0.0', '2.5','1.5', '1.0', '0.5', 'H', 'a', 'C', 'a', 'T', 'D', 'O', 'N', 'H', 'a','C', 'a', 'T', 'T', 'M', 'G', '2.0', 'O', '-G', 'lc', 'N', 'A', 'c','le', 'v', 'e', 'l', '(A', '.U', ')', 'H', 'e', 'L', 'a', 'C', 'T','L', '0.0', '1.5', '1.0', '0.5', 'H', 'e', 'L', 'a', 'D', 'O', 'N','H', 'e', 'L', 'a', 'T', 'M', 'G', '2.0', '***', '***', 'S', 'R', 'E','B', 'P', '-1', 'le', 'v', 'e', 'l', 'H', 'e', 'L', 'a', 'C', 'T','L', '0.0', '1.5', '1.0', '0.5', 'H', 'e', 'L', 'a', 'D', 'O', 'N','H', 'e', 'L', 'a', 'T', 'M', 'G', '2.0', '***', 'F', 'A', 'S', '(A','.U', ')', 'H', 'e', 'L', 'a', 'C', 'T', 'L', '0.0', '1.5', '1.0','0.5', 'H', 'e', 'L', 'a', 'D', 'O', 'N', 'H', 'e', 'L', 'a', 'T','M', 'G', '2.0', '***', 'A', 'C', 'C', '(A', '.U', ')', 'H', 'e', 'L','a', 'C', 'T', 'L', '0.0', '1.5', '1.0', '0.5', 'H', 'e', 'L', 'a','D', 'O', 'N', 'H', 'e', 'L', 'a', 'T', 'M', 'G', '2.0', '***', '***','***', '***', '***', '***', '***', '*** ***', '***', 'O-GlcNAc','AMPK', 'pAMPK', 'SREBP-1', 'ACC', 'FAS', '�-actin', 'O', '-G', 'lN','A', 'c', 'le', 'v', 'e', 'l', '(A', '.U', ')', 'C', 'T', 'L', 'H','a', 'C', 'a', 'T', '0.0', '1.5', '1.0', '0.5', 'Q', 'u', 'e', 'r','H', 'a', 'C', 'a', 'T', 'C', 'T', 'L', 'H', 'e', 'L', 'a', '2.0','Q', 'u', 'e', 'r', 'H', 'e', 'L', 'a', 'p', 'A', 'M', 'P', 'K', '(A','.U', ')', 'C', 'T', 'L', 'H', 'a', 'C', 'a', 'T', '0.0', '1.5','1.0', '0.5', 'Q', 'u', 'e', 'r', 'H', 'a', 'C', 'a', 'T', 'C', 'T','L', 'H', 'e', 'L', 'a', '2.5 ***', 'Q', 'u', 'e', 'r', 'H', 'e', 'L','a', 'S', 'R', 'E', 'B', 'P', '-1', 'le', 'v', 'e', 'l', 'C', 'T','L', 'H', 'a', 'C', 'a', 'T', '0.0', '1.5', '1.0', '0.5', 'Q', 'u','e', 'r', 'H', 'a', 'C', 'a', 'T', 'C', 'T', 'L', 'H', 'e', 'L', 'a','**', 'Q', 'u', 'e', 'r', 'H', 'e', 'L', 'a', 'A', 'C', 'C', '(A','.U', ')', 'C', 'T', 'L', 'H', 'a', 'C', 'a', 'T', '0.0', '1.5','1.0', '0.5', 'Q', 'u', 'e', 'r', 'H', 'a', 'C', 'a', 'T', 'C', 'T','L', 'H', 'e', 'L', 'a', '2.0', '***', 'Q', 'u', 'e', 'r', 'H', 'e','L', 'a', 'F', 'A', 'S', '(A', '.U', ')', 'C', 'T', 'L', 'H', 'a','C', 'a', 'T', '0.0', '1.5', '1.0', '0.5', 'Q', 'u', 'e', 'r', 'H','a', 'C', 'a', 'T', 'C', 'T', 'L', 'H', 'e', 'L', 'a', '***', 'Q','u', 'e', 'r', 'H', 'e', 'L', 'a', '2.0', '***', '*** ***', '*','******* *******', 'HaCaT HeLa', 'CTL Quer CTL Quer', 'A', 'Fig. 4.Quercetin regulates SREBP­1 and its target proteins']
N = 3
M = 5
buffer = []
for i, v in enumerate(lst):
if len(v) <= M:
buffer.append(i)
else:
if len(buffer) > N:
for i in buffer:
lst[i] = None
buffer.clear()
print(list(filter(None, lst)))
Output:
['performed three times. Data represent the mean±SEM of threeindependent experiments. *P<0.05, **P<0.005, ***P<0.001.', 'B', 'O-GlcNAc', 'AMPK', 'pAMPK', 'SREBP-1', 'HaCaT HeLa', '*** ***', '***', 'O-GlcNAc', 'AMPK', 'pAMPK', 'SREBP-1', 'ACC', 'FAS', '�-actin', '2.5 ***', '*** ***', '*', '******* *******', 'HaCaT HeLa', 'CTL Quer CTL Quer', 'A', 'Fig. 4.Quercetin regulates SREBP\xad1 and its target proteins']

It is unclear exactly what is desired. Below is some code of what I believe is being asked for. Hope this helps. If this is off... let me know.
Psuedo algorithm
Given a list of strings.
Identify the len of each string using class cntseq.
Identify sequence of strings having the same len
For each sequence, if the length of sequence
x = ['performed three times. Data represent the mean±SEM of three independent experiments. P<0.05, P<0.005, P<0.001.', 'B', 'O-GlcNAc', 'AMPK', 'pAMPK', 'SREBP-1', 'ACC', 'FAS', 'actin', 'C', 'T', 'L', 'D', 'O', 'N', 'T', 'M', 'G', 'C', 'T', 'L', 'D', 'O', 'N', 'T', 'M', 'G', 'HaCaT HeLa', 'O', '-G', 'lN', 'A', 'c', 'le', 'v', 'e', 'l', '(A', '.U', ')', 'H', 'a', 'C', 'a', 'T', 'C', 'T', 'L', '0.0', '2.5', '1.5', '1.0', '0.5', 'H', 'a', 'C', 'a', 'T', 'D', 'O', 'N', 'H', 'a', 'C', 'a', 'T', 'T', 'M', 'G', '2.0', '', '', 'S', 'R', 'E', 'B', 'P', '-1', 'le', 'v', 'e', 'l', 'H', 'a', 'C', 'a', 'T', 'C', 'T', 'L', '0.0', '1.5', '1.0', '0.5', 'H', 'a', 'C', 'a', 'T', 'D', 'O', 'N', 'H', 'a', 'C', 'a', 'T', 'T', 'M', 'G', '2.0', 'F', 'A', 'S', '(A', '.U', ')', 'H', 'a', 'C', 'a', 'T', 'C', 'T', 'L', '0.0', '1.5', '1.0', '0.5', 'H', 'a', 'C', 'a', 'T', 'D', 'O', 'N', 'H', 'a', 'C', 'a', 'T', 'T', 'M', 'G', '2.0', 'A', 'C', 'C', '(A', '.U', ')', 'H', 'a', 'C', 'a', 'T', 'C', 'T', 'L', '0.0', '2.5', '1.5', '1.0', '0.5', 'H', 'a', 'C', 'a', 'T', 'D', 'O', 'N', 'H', 'a', 'C', 'a', 'T', 'T', 'M', 'G', '2.0', 'O', '-G', 'lc', 'N', 'A', 'c', 'le', 'v', 'e', 'l', '(A', '.U', ')', 'H', 'e', 'L', 'a', 'C', 'T', 'L', '0.0', '1.5', '1.0', '0.5', 'H', 'e', 'L', 'a', 'D', 'O', 'N', 'H', 'e', 'L', 'a', 'T', 'M', 'G', '2.0', '', '', 'S', 'R', 'E', 'B', 'P', '-1', 'le', 'v', 'e', 'l', 'H', 'e', 'L', 'a', 'C', 'T', 'L', '0.0', '1.5', '1.0', '0.5', 'H', 'e', 'L', 'a', 'D', 'O', 'N', 'H', 'e', 'L', 'a', 'T', 'M', 'G', '2.0', '', 'F', 'A', 'S', '(A', '.U', ')', 'H', 'e', 'L', 'a', 'C', 'T', 'L', '0.0', '1.5', '1.0', '0.5', 'H', 'e', 'L', 'a', 'D', 'O', 'N', 'H', 'e', 'L', 'a', 'T', 'M', 'G', '2.0', '', 'A', 'C', 'C', '(A', '.U', ')', 'H', 'e', 'L', 'a', 'C', 'T', 'L', '0.0', '1.5', '1.0', '0.5', 'H', 'e', 'L', 'a', 'D', 'O', 'N', 'H', 'e', 'L', 'a', 'T', 'M', 'G', '2.0', '', '', '', '', '', '', '', '* ', '', 'O-GlcNAc', 'AMPK', 'pAMPK', 'SREBP-1', 'ACC', 'FAS', '�-actin', 'O', '-G', 'lN', 'A', 'c', 'le', 'v', 'e', 'l', '(A', '.U', ')', 'C', 'T', 'L', 'H', 'a', 'C', 'a', 'T', '0.0', '1.5', '1.0', '0.5', 'Q', 'u', 'e', 'r', 'H', 'a', 'C', 'a', 'T', 'C', 'T', 'L', 'H', 'e', 'L', 'a', '2.0', 'Q', 'u', 'e', 'r', 'H', 'e', 'L', 'a', 'p', 'A', 'M', 'P', 'K', '(A', '.U', ')', 'C', 'T', 'L', 'H', 'a', 'C', 'a', 'T', '0.0', '1.5', '1.0', '0.5', 'Q', 'u', 'e', 'r', 'H', 'a', 'C', 'a', 'T', 'C', 'T', 'L', 'H', 'e', 'L', 'a', '2.5 ', 'Q', 'u', 'e', 'r', 'H', 'e', 'L', 'a', 'S', 'R', 'E', 'B', 'P', '-1', 'le', 'v', 'e', 'l', 'C', 'T', 'L', 'H', 'a', 'C', 'a', 'T', '0.0', '1.5', '1.0', '0.5', 'Q', 'u', 'e', 'r', 'H', 'a', 'C', 'a', 'T', 'C', 'T', 'L', 'H', 'e', 'L', 'a', '', 'Q', 'u', 'e', 'r', 'H', 'e', 'L', 'a', 'A', 'C', 'C', '(A', '.U', ')', 'C', 'T', 'L', 'H', 'a', 'C', 'a', 'T', '0.0', '1.5', '1.0', '0.5', 'Q', 'u', 'e', 'r', 'H', 'a', 'C', 'a', 'T', 'C', 'T', 'L', 'H', 'e', 'L', 'a', '2.0', '', 'Q', 'u', 'e', 'r', 'H', 'e', 'L', 'a', 'F', 'A', 'S', '(A', '.U', ')', 'C', 'T', 'L', 'H', 'a', 'C', 'a', 'T', '0.0', '1.5', '1.0', '0.5', 'Q', 'u', 'e', 'r', 'H', 'a', 'C', 'a', 'T', 'C', 'T', 'L', 'H', 'e', 'L', 'a', '', 'Q', 'u', 'e', 'r', 'H', 'e', 'L', 'a', '2.0', '', '* ', '', '***** *******', 'HaCaT HeLa', 'CTL Quer CTL Quer', 'A', 'Fig. 4. Quercetin regulates SREBP\xad1 and its target proteins']
df = pd.DataFrame(x, columns=['v'])
df['len'] = df.v.apply(len)
N = 2
M = 2
class cntseq(object):
'''
Define class to track sequences across the Column
'''
def __init__(self, **kwargs):
self.prevLen = -1
self.cnt = 0
self.start = None
def countN(self, r):
if r.len == self.prevLen:
# if adjcent sequence found, mark it's start with "len.start"
self.cnt += 1
if self.start == None :
self.start = int(r.name)-1
return '%d.%d'%(r.len, self.start)
else:
# non-adjcent sequence found, mark None.None"
self.prevLen = r.len
self.cnt = 0
self.start = None
return 'None.None'
# Identify sequences of adjcent lengths.
cs = cntseq()
df['seq'] = df.apply(lambda r : cs.countN(r),axis=1)
print("\nOriginal DF info")
print(df.describe())
print("\nOriginal DF ")
print(df.head())
# Compute lookup of duplicate information
df2 = pd.DataFrame(df.groupby('seq').seq.count())
df2.columns=['M']
df2 = df2.reset_index()
n = df2[df2.seq == 'None.None'].index[0]
df2 = df2.drop(78, axis=0)
print("\nLookup DF, seq has count and index for start of 'adjcent elements'")
print(df2.head())
# Compute final DF without duplicates
df3 = df[df.seq.isin(list(df2[df2.M > M].seq))].head()
print("\nFinal DF without duplicated")
print(df3)
print("\nOriginal DF info")
print(df3.describe())
output:
Original DF info
len
count 578.000000
mean 1.730104
std 5.284275
min 0.000000
25% 1.000000
50% 1.000000
75% 1.000000
max 110.000000
Original DF
v len seq
0 performed three times. Data represent the mean... 110 None.None
1 B 1 None.None
2 O-GlcNAc 8 None.None
3 AMPK 4 None.None
4 pAMPK 5 None.None
Lookup DF, seq has count and index for start of 'adjcent elements'
seq M
0 0.221 1
1 0.325 6
2 0.70 1
3 1.111 2
4 1.116 8
Final DF without duplicated
v len seq
10 T 1 1.9
11 L 1 1.9
12 D 1 1.9
13 O 1 1.9
14 N 1 1.9
Original DF info
len
count 5.0
mean 1.0
std 0.0
min 1.0
25% 1.0
50% 1.0
75% 1.0
max 1.0

I am writing a program for converting DNA to protein, I am not get idea to creat help me to get through it,

def translat_dna(sequence):
gencode= {
'ATA':'I', 'ATC':'I', 'ATT':'I', 'ATG':'M',
'ACA':'T', 'ACC':'T', 'ACG':'T', 'ACT':'T',
'AAC':'N', 'AAT':'N', 'AAA':'K', 'AAG':'K',
'AGC':'S', 'AGT':'S', 'AGA':'R', 'AGG':'R',
'CTA':'L', 'CTC':'L', 'CTG':'L', 'CTT':'L',
'CCA':'P', 'CCC':'P', 'CCG':'P', 'CCT':'P',
'CAC':'H', 'CAT':'H', 'CAA':'Q', 'CAG':'Q',
'CGA':'R', 'CGC':'R', 'CGG':'R', 'CGT':'R',
'GTA':'V', 'GTC':'V', 'GTG':'V', 'GTT':'V',
'GCA':'A', 'GCC':'A', 'GCG':'A', 'GCT':'A',
'GAC':'D', 'GAT':'D', 'GAA':'E', 'GAG':'E',
'GGA':'G', 'GGC':'G', 'GGG':'G', 'GGT':'G',
'TCA':'S', 'TCC':'S', 'TCG':'S', 'TCT':'S',
'TTC':'F', 'TTT':'F', 'TTA':'L', 'TTG':'L',
'TAC':'Y', 'TAT':'Y', 'TAA':'_', 'TAG':'_',
'TGC':'C', 'TGT':'C', 'TGA':'_', 'TGG':'W',
}
proteinseq=''
for n in range(0,len(gencode),3):
if sequence[n:n+3] in gencode:
proteinseq += gencode[sequence[n:n+3]:
sequence=''
return proteinseq in translat_dna()

Change
for n in range(0,len(gencode),3):
Onto:
for n in range(0,len(sequence),3):

def translat_dna(sequence):
gencode = {
'ATA': 'I', 'ATC': 'I', 'ATT': 'I', 'ATG': 'M',
'ACA': 'T', 'ACC': 'T', 'ACG': 'T', 'ACT': 'T',
'AAC': 'N', 'AAT': 'N', 'AAA': 'K', 'AAG': 'K',
'AGC': 'S', 'AGT': 'S', 'AGA': 'R', 'AGG': 'R',
'CTA': 'L', 'CTC': 'L', 'CTG': 'L', 'CTT': 'L',
'CCA': 'P', 'CCC': 'P', 'CCG': 'P', 'CCT': 'P',
'CAC': 'H', 'CAT': 'H', 'CAA': 'Q', 'CAG': 'Q',
'CGA': 'R', 'CGC': 'R', 'CGG': 'R', 'CGT': 'R',
'GTA': 'V', 'GTC': 'V', 'GTG': 'V', 'GTT': 'V',
'GCA': 'A', 'GCC': 'A', 'GCG': 'A', 'GCT': 'A',
'GAC': 'D', 'GAT': 'D', 'GAA': 'E', 'GAG': 'E',
'GGA': 'G', 'GGC': 'G', 'GGG': 'G', 'GGT': 'G',
'TCA': 'S', 'TCC': 'S', 'TCG': 'S', 'TCT': 'S',
'TTC': 'F', 'TTT': 'F', 'TTA': 'L', 'TTG': 'L',
'TAC': 'Y', 'TAT': 'Y', 'TAA': '_', 'TAG': '_',
'TGC': 'C', 'TGT': 'C', 'TGA': '_', 'TGG': 'W',
}
proteinseq = ''
for n in range(0, len(sequence), 3):
proteinseq += gencode.get(sequence[n:n + 3], '')
return proteinseq
You could also shorten it slightly using str.join:
def translat_dna(sequence):
gencode = {
'ATA': 'I', 'ATC': 'I', 'ATT': 'I', 'ATG': 'M',
'ACA': 'T', 'ACC': 'T', 'ACG': 'T', 'ACT': 'T',
'AAC': 'N', 'AAT': 'N', 'AAA': 'K', 'AAG': 'K',
'AGC': 'S', 'AGT': 'S', 'AGA': 'R', 'AGG': 'R',
'CTA': 'L', 'CTC': 'L', 'CTG': 'L', 'CTT': 'L',
'CCA': 'P', 'CCC': 'P', 'CCG': 'P', 'CCT': 'P',
'CAC': 'H', 'CAT': 'H', 'CAA': 'Q', 'CAG': 'Q',
'CGA': 'R', 'CGC': 'R', 'CGG': 'R', 'CGT': 'R',
'GTA': 'V', 'GTC': 'V', 'GTG': 'V', 'GTT': 'V',
'GCA': 'A', 'GCC': 'A', 'GCG': 'A', 'GCT': 'A',
'GAC': 'D', 'GAT': 'D', 'GAA': 'E', 'GAG': 'E',
'GGA': 'G', 'GGC': 'G', 'GGG': 'G', 'GGT': 'G',
'TCA': 'S', 'TCC': 'S', 'TCG': 'S', 'TCT': 'S',
'TTC': 'F', 'TTT': 'F', 'TTA': 'L', 'TTG': 'L',
'TAC': 'Y', 'TAT': 'Y', 'TAA': '_', 'TAG': '_',
'TGC': 'C', 'TGT': 'C', 'TGA': '_', 'TGG': 'W',
}
return ''.join(gencode.get(sequence[n:n + 3], '')
for n in range(0, len(sequence), 3))

DNA To Protein Sequence

I am trying to create a program which translates a DNA sequence entered by the user to 3 alternative protein sequence using the following dictionary (codons are keys, amino acids are values):
{'TGA': '*', 'GCG': 'A', 'CGA': 'R', 'ATA': 'I', 'AGA': 'R', 'TAA': '*', 'TTT': 'F', 'GAG': 'E', 'CTT': 'L', 'CGT': 'R', 'CTC': 'L', 'CTG': 'L', 'TGT': 'C', 'CCA': 'P', 'AAT': 'N', 'GTC': 'V', 'GAC': 'D', 'GAT': 'D', 'TAT': 'Y', 'AAA': 'K', 'GTA': 'V', 'TAG': '*', 'CGC': 'R', 'GCA': 'A', 'TCG': 'S', 'GCT': 'A', 'GCC': 'A', 'TGG': 'W', 'TTC': 'F', 'CCC': 'P', 'TTG': 'L', 'CGG': 'R', 'GGC': 'G', 'AGG': 'R', 'TCC': 'S', 'CCT': 'P', 'GGT': 'G', 'GGG': 'G', 'TCA': 'S', 'AGC': 'S', 'CAG': 'Q', 'CAC': 'H', 'ATC': 'I', 'GAA': 'E', 'GTG': 'V', 'CCG': 'P', 'CAT': 'H', 'AAG': 'K', 'ATG': 'M', 'AAC': 'N', 'TAC': 'Y', 'TGC': 'C', 'CTA': 'L', 'TCT': 'S', 'ATT': 'I', 'ACG': 'T', 'AGT': 'S', 'GTT': 'V', 'TTA': 'L', 'CAA': 'Q', 'GGA': 'G', 'ACC': 'T', 'ACA': 'T', 'ACT': 'T'}
I want to just use mapping and not biopython.
So, when the program is run it should look like this:
Please enter a DNA sequence: GCTgttaagactatgaaaagaataagcaacaccatcaat
Frame 1 is AVKTMKRISNTIN
Frame 2 is LLRL*KE*ATPS
Frame 3 is C*DYEKNKQHHQ
I have created this dictionary from a file, but I'm unsure how to get started from here. Any help would be greatly appreciated. Thanks!

Declare the dictionary:
prot_match = {'TGA': '*', 'GCG': 'A', 'CGA': 'R', 'ATA': 'I', 'AGA': 'R', 'TAA': '*', 'TTT': 'F', 'GAG': 'E', 'CTT': 'L', 'CGT': 'R', 'CTC': 'L', 'CTG': 'L', 'TGT': 'C', 'CCA': 'P', 'AAT': 'N', 'GTC': 'V', 'GAC': 'D', 'GAT': 'D', 'TAT': 'Y', 'AAA': 'K', 'GTA': 'V', 'TAG': '*', 'CGC': 'R', 'GCA': 'A', 'TCG': 'S', 'GCT': 'A', 'GCC': 'A', 'TGG': 'W', 'TTC': 'F', 'CCC': 'P', 'TTG': 'L', 'CGG': 'R', 'GGC': 'G', 'AGG': 'R', 'TCC': 'S', 'CCT': 'P', 'GGT': 'G', 'GGG': 'G', 'TCA': 'S', 'AGC': 'S', 'CAG': 'Q', 'CAC': 'H', 'ATC': 'I', 'GAA': 'E', 'GTG': 'V', 'CCG': 'P', 'CAT': 'H', 'AAG': 'K', 'ATG': 'M', 'AAC': 'N', 'TAC': 'Y', 'TGC': 'C', 'CTA': 'L', 'TCT': 'S', 'ATT': 'I', 'ACG': 'T', 'AGT': 'S', 'GTT': 'V', 'TTA': 'L', 'CAA': 'Q', 'GGA': 'G', 'ACC': 'T', 'ACA': 'T', 'ACT': 'T'}
Slice the string to chunks of 3 characters:
def chunks (arr, size = 1, frame = 1):
return [arr[i: i+size] for i in range(frame - 1, len(arr), size)]
dna = input('Enter DNA: ').upper()
Then, map for the prot_match value of the current sequence (use get for safety in case you dont have that sequence for sure):
frames = 3
for frame in range(frames):
chunked_dna = chunks(dna, 3, frame + 1)
prot_seq = map(lambda seq: prot_match.get(seq, '0'), chunked_dna )
Finally, use join to get the protein sequence as a string from the map:
prot_seq = ''.join(prot_seq)
print('Protein sequence number', frame + 1, ':', prot_seq)
Example (these snippets together in a file):
Enter DNA: GCTgttaagactatgaaaagaataagcaacaccatcaat
Protein sequence number 1 : AVKTMKRISNTIN
Protein sequence number 2 : LLRL*KE*ATPS0
Protein sequence number 3 : C*DYEKNKQHHQ0

remove items from list in python

>>> n
['UUU', 'F', 'CUU', 'L', 'AUU', 'I', 'GUU', 'V', 'UUC', 'F', 'CUC', 'L', 'AUC', 'I', 'GUC', 'V', 'UUA', 'L', 'CUA', 'L', 'AUA', 'I', 'GUA', 'V', 'UUG', 'L', 'CUG', 'L', 'AUG', 'M', 'GUG', 'V', 'UCU', 'S', 'CCU', 'P', 'ACU', 'T', 'GCU', 'A', 'UCC', 'S', 'CCC', 'P', 'ACC', 'T', 'GCC', 'A', 'UCA', 'S', 'CCA', 'P', 'ACA', 'T', 'GCA', 'A', 'UCG', 'S', 'CCG', 'P', 'ACG', 'T', 'GCG', 'A', 'UAU', 'Y', 'CAU', 'H', 'AAU', 'N', 'GAU', 'D', 'UAC', 'Y', 'CAC', 'H', 'AAC', 'N', 'GAC', 'D', 'UAA', 'Stop', 'CAA', 'Q', 'AAA', 'K', 'GAA', 'E', 'UAG', 'Stop', 'CAG', 'Q', 'AAG', 'K', 'GAG', 'E', 'UGU', 'C', 'CGU', 'R', 'AGU', 'S', 'GGU', 'G', 'UGC', 'C', 'CGC', 'R', '', '', '', '', '', 'AGC', 'S', '', '', '', '', '', 'GGC', 'G', 'UGA', 'Stop', '', '', 'CGA', 'R', '', '', '', '', '', 'AGA', 'R', '', '', '', '', '', 'GGA', 'G', 'UGG', 'W', '', '', '', '', '', 'CGG', 'R', '', '', '', '', '', 'AGG', 'R', '', '', '', '', '', 'GGG', 'G', '']
>>> for item in n:
... if item=='':
... n.remove(item)
...
>>> n
['UUU', 'F', 'CUU', 'L', 'AUU', 'I', 'GUU', 'V', 'UUC', 'F', 'CUC', 'L', 'AUC', 'I', 'GUC', 'V', 'UUA', 'L', 'CUA', 'L', 'AUA', 'I', 'GUA', 'V', 'UUG', 'L', 'CUG', 'L', 'AUG', 'M', 'GUG', 'V', 'UCU', 'S', 'CCU', 'P', 'ACU', 'T', 'GCU', 'A', 'UCC', 'S', 'CCC', 'P', 'ACC', 'T', 'GCC', 'A', 'UCA', 'S', 'CCA', 'P', 'ACA', 'T', 'GCA', 'A', 'UCG', 'S', 'CCG', 'P', 'ACG', 'T', 'GCG', 'A', 'UAU', 'Y', 'CAU', 'H', 'AAU', 'N', 'GAU', 'D', 'UAC', 'Y', 'CAC', 'H', 'AAC', 'N', 'GAC', 'D', 'UAA', 'Stop', 'CAA', 'Q', 'AAA', 'K', 'GAA', 'E', 'UAG', 'Stop', 'CAG', 'Q', 'AAG', 'K', 'GAG', 'E', 'UGU', 'C', 'CGU', 'R', 'AGU', 'S', 'GGU', 'G', 'UGC', 'C', 'CGC', 'R', 'AGC', 'S', 'GGC', 'G', 'UGA', 'Stop', 'CGA', 'R', 'AGA', 'R', 'GGA', 'G', 'UGG', 'W', '', '', '', '', 'CGG', 'R', '', '', '', '', '', 'AGG', 'R', '', '', '', '', '', 'GGG', 'G', '']
How to explain that iterative "remove" operation can't remove all the '' elements in the list?

You can also use a list comprehension:
>>> n = ['UUU', 'F', 'CUU', 'L', 'AUU', 'I', 'GUU', 'V', 'UUC', 'F', 'CUC', 'L', 'AUC', 'I', 'GUC', 'V', 'UUA', 'L', 'CUA', 'L', 'AUA', 'I', 'GUA', 'V', 'UUG', 'L', 'CUG', 'L', 'AUG', 'M', 'GUG', 'V', 'UCU', 'S', 'CCU', 'P', 'ACU', 'T', 'GCU', 'A', 'UCC', 'S', 'CCC', 'P', 'ACC', 'T', 'GCC', 'A', 'UCA', 'S', 'CCA', 'P', 'ACA', 'T', 'GCA', 'A', 'UCG', 'S', 'CCG', 'P', 'ACG', 'T', 'GCG', 'A', 'UAU', 'Y', 'CAU', 'H', 'AAU', 'N', 'GAU', 'D', 'UAC', 'Y', 'CAC', 'H', 'AAC', 'N', 'GAC', 'D', 'UAA', 'Stop', 'CAA', 'Q', 'AAA', 'K', 'GAA', 'E', 'UAG', 'Stop', 'CAG', 'Q', 'AAG', 'K', 'GAG', 'E', 'UGU', 'C', 'CGU', 'R', 'AGU', 'S', 'GGU', 'G', 'UGC', 'C', 'CGC', 'R', '', '', '', '', '', 'AGC', 'S', '', '', '', '', '', 'GGC', 'G', 'UGA', 'Stop', '', '', 'CGA', 'R', '', '', '', '', '', 'AGA', 'R', '', '', '', '', '', 'GGA', 'G', 'UGG', 'W', '', '', '', '', '', 'CGG', 'R', '', '', '', '', '', 'AGG', 'R', '', '', '', '', '', 'GGG', 'G', '']
>>> n = [x for x in n if x != ''] # or more simply [x for x in n if x]
>>> print n
['UUU', 'F', 'CUU', 'L', 'AUU', 'I', 'GUU', 'V', 'UUC', 'F', 'CUC', 'L', 'AUC', 'I', 'GUC', 'V', 'UUA', 'L', 'CUA', 'L', 'AUA', 'I', 'GUA', 'V', 'UUG', 'L', 'CUG', 'L', 'AUG', 'M', 'GUG', 'V', 'UCU', 'S', 'CCU', 'P', 'ACU', 'T', 'GCU', 'A', 'UCC', 'S', 'CCC', 'P', 'ACC', 'T', 'GCC', 'A', 'UCA', 'S', 'CCA', 'P', 'ACA', 'T', 'GCA', 'A', 'UCG', 'S', 'CCG', 'P', 'ACG', 'T', 'GCG', 'A', 'UAU', 'Y', 'CAU', 'H', 'AAU', 'N', 'GAU', 'D', 'UAC', 'Y', 'CAC', 'H', 'AAC', 'N', 'GAC', 'D', 'UAA', 'Stop', 'CAA', 'Q', 'AAA', 'K', 'GAA', 'E', 'UAG', 'Stop', 'CAG', 'Q', 'AAG', 'K', 'GAG', 'E', 'UGU', 'C', 'CGU', 'R', 'AGU', 'S', 'GGU', 'G', 'UGC', 'C', 'CGC', 'R', 'AGC', 'S', 'GGC', 'G', 'UGA', 'Stop', 'CGA', 'R', 'AGA', 'R', 'GGA', 'G', 'UGG', 'W', 'CGG', 'R', 'AGG', 'R', 'GGG', 'G']

To expand a bit on why you shouldn't change a list this way as you're iterating over it, consider the following simplification of what you're doing:
>>> a = range(10)
>>> a
[0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9]
>>> for item in a:
... print item
... a.remove(item)
...
0
2
4
6
8
>>> a
[1, 3, 5, 7, 9]
As this illustrates, by changing the list, you're also changing which elements you act on in successive iterations. That's almost never a good idea and appears not to be what you're trying to accomplish.
Instead, how about a list comprehension:
[item for item in mylist if item != '']

Another option is
while '' in n:
n.remove('')

Instead of trying to remove the blanks, try instead to make a new array which contains only the non-blank items
a = ['UUU', 'F', 'CUU', 'L', 'AUU', 'I', 'GUU', 'V', 'UUC', 'F', 'CUC', 'L', 'AUC', 'I', 'GUC', 'V', 'UUA', 'L', 'CUA', 'L', 'AUA', 'I', 'GUA', 'V', 'UUG', 'L', 'CUG', 'L', 'AUG', 'M', 'GUG', 'V', 'UCU', 'S', 'CCU', 'P', 'ACU', 'T', 'GCU', 'A', 'UCC', 'S', 'CCC', 'P', 'ACC', 'T', 'GCC', 'A', 'UCA', 'S', 'CCA', 'P', 'ACA', 'T', 'GCA', 'A', 'UCG', 'S', 'CCG', 'P', 'ACG', 'T', 'GCG', 'A', 'UAU', 'Y', 'CAU', 'H', 'AAU', 'N', 'GAU', 'D', 'UAC', 'Y', 'CAC', 'H', 'AAC', 'N', 'GAC', 'D', 'UAA', 'Stop', 'CAA', 'Q', 'AAA', 'K', 'GAA', 'E', 'UAG', 'Stop', 'CAG', 'Q', 'AAG', 'K', 'GAG', 'E', 'UGU', 'C', 'CGU', 'R', 'AGU', 'S', 'GGU', 'G', 'UGC', 'C', 'CGC', 'R', '', '', '', '', '', 'AGC', 'S', '', '', '', '', '', 'GGC', 'G', 'UGA', 'Stop', '', '', 'CGA', 'R', '', '', '', '', '', 'AGA', 'R', '', '', '', '', '', 'GGA', 'G', 'UGG', 'W', '', '', '', '', '', 'CGG', 'R', '', '', '', '', '', 'AGG', 'R', '', '', '', '', '', 'GGG', 'G', '']
b = []
for x in a:
if len(x)>0:
b.append(x)

As dylrei mentioned, list comprehension is a pythonic solution, but is has a drawback with (very) huge list since it copies the list. If you have a huge list and the item you want to remove is only a few times in the list, then I suggest the following (less pythonic) solution:
>>> l=[1,2,3,4,5,6,1,2,3,1,2,1,1]
>>> while True:
... try:
... l.remove(1)
... except ValueError:
... break
...
>>> l
[2, 3, 4, 5, 6, 2, 3, 2]